一、生物学分类
海鲫鱼和鲫鱼的生物学分类不同，其中海鲫鱼是脊索动物门、硬骨鱼纲、鲈形目、海鲫科、海鲫属鱼类的统称，俗称海刀子、九九鱼、海鲋等；而鲫鱼则是脊索动物门、硬骨鱼纲、鲤形目、鲤科、鲫属鱼类的统称，俗称鲫瓜子、月鲫仔、鲫壳等。
二、形态特征
海鲫鱼和鲫鱼的形态特征不同，其中海鲫鱼的体侧扁，椭圆形，体色灰褐色或褐色，口小，具圆锥状细牙，有一长背鳍；而鲫鱼的体侧扁且高，背部暗淡，腹部发白、色浅，嘴上无须，鱼鳞较小，体色主要是灰色，例如灰黑色的体背、银灰色的体腹、灰白色的鳍条等。
三、分布范围
海鲫鱼和鲫鱼的分布范围不同，其中海鲫鱼属冷温性近海鱼类，主要分布于北太平洋西部，我国多见于黄海北部和渤海；而鲫鱼则是典型的淡水鱼类，广泛分布在全国各地的池塘、沟渠、溪流、江河、湖库等水体中，一般情况下都在水体底层活动。
四、摄食习性
海鲫鱼和鲫鱼的摄食习性不同，其中海鲫鱼是肉食性鱼类，主要以软体动物及水蚤等水生昆虫为食；而鲫鱼则是典型的杂食性鱼类，荤素兼食，饵谱广泛，其中动物性食物有枝角类、桡足类、轮虫、摇蚊幼虫等，植物性食物有植物茎、叶、芽、果实、碎屑等。
五、繁殖方式
海鲫鱼和鲫鱼的繁殖方式不同，其中海鲫鱼是卵胎生鱼类，直接产出幼鱼，雌鱼的子宫分隔成多胎室，每胎能产小鱼约30～50尾；而鲫鱼则是卵生鱼类，繁殖期雌鱼先将卵产在水草或石头上，然后雄鱼将精子排在鱼卵上，卵受精后2～7天孵化出小鱼。
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